Ayasofya Camii'nin müzeye çevrilmesiyle birlikte faaliyetleri rafa kaldırılan kurumlardan biri de Ayasofya'nın hemen bitişiğinde bulunan Fatih Medresesi'ydi.
Bu tarihi medresenin yeniden hayat bulabilmesi için Kültür ve Turizm Bakanlığı, harekete geçti.
Geçtiğimiz yıllarda Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından aslına uygun olarak yeniden restore edilmesine başlanan Ayasofya Fatih Medresesi, tamamlanmasıyla birlikte Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın katılımı ile açıldı.
Medresenin açılışında konuşan Cumhurbaşkanı Erdoğan, "Burası İstanbul'un Fethi'nin akabinde şehrin ilk medresesi olarak hizmete açılmıştır. Medresede Ali Kuşçu da ders vermiştir. Medrese farklı tarihlerdeki bakım-onarım-inşalarla 1924 yılına kadar eğitim hizmetine devam etmiştir. Sonra öksüzler yurdu olarak kullanılsa da daha sonra yıktırılmıştır.
Ayasofya'yı müzeye çeviren zihniyet buraya da tahammül edememiştir. Oysa her vakfiye bizlere tevdi edilmiş bir emanettir. Buna rağmen Türkiye ne ecdat yadigârı eserleri ne de eserlerin korunması ve yaşatılması konusunda iyi bir imtihan verememiştir." ifadelerini kullandı.